Wie sich herausgestellt hat, ist mein Problem mit der iTunes Synchronisierung ein Migrationsproblem der iOS Version 6.0. Nachdem ich das Gerät einmal mit dem Xcode Organizer untersucht habe, konnte man sehen, dass offenbar die Mediendatenbank unvollständig umgesetzt wurde: anscheinend fehlte eine ganze Tabelle.
Das Zurücksetzen des Geräts hat dann wieder ein erfolgreiches Synchronisieren der Medien ermöglicht. Leider gingen dabei alle sonstigen Datenbestände (Spielstände) verloren.
Eigentlich sollte so etwas nicht notwendig sein… Es gibt allerdings meines Wissens keine Möglichkeit, nur die Mediendatenbank zurückzusetzen. Auch der Restore aus einem Backup (ob iCloud oder nicht) lieferte stets wieder die defekte Datenbank zurück.
Gar nicht schön.